ปลาร้าถือว่ามีคุณค่าทางโภชนาการสูง เพราะในปลาร้าคือแหล่งโปรตีนชั้นดีเทียบเท่ากับเนื้อสัตว์อื่นๆ โดยจากการศึกษาพบว่า ปลาร้า 100 กรัม จะมีโปรตีนอยู่ถึง 15 – 20 กรัม นอกจากนี้ยังมีสารอาหารอื่นๆ เช่น ฟอสฟอรัส แคมเซียม วิตามินบี 1 วิตามินบี 2 และวิตามินเค แต่สิ่งที่ผู้บริโภคพึงปฎิบัติ คือ ต้องกินปลาร้าที่ปรุงสุกถึงจะได้โปรตีนมากและลดความเสี่ยงเป็นมะเร็งท่อน้ำดี
เพราะในปลาร้าดิบจะมีสารไนโตรซามีน ที่ก่อเซลล์มะเร็งในบางอวัยวะของร่างกาย และที่จะต้องระมัดระวัง คือ อย่ากินซ้ำซาก หรือกินบ่อยๆ เพราะในปลาร้ามีโซเดียมสูง กินมากจะมีผลต่อไต ทำให้ไตทำงานหนัก ดังนั้น ที่แนะนำคือ ควรนำปลาร้ามาทำเป็นอาหารประเภทน้ำพริกกินกับผักชนิดต่างๆ ส่วนการบริโภคผ่านการปรุงอาหารอื่น เช่น ส้มตำ แกงเห็ด ฯลฯ ค่อนข้างสังเกตได้ยาก แม้จะถามคนขายว่าปลาร้าต้มสุกหรือไม่ ก็อาจจะไม่ได้รับคำตอบที่ตรงตามความเป็นจริงเสมอไป ดังนั้น ควรเลือกรับประทานจากร้านที่คุ้นเคย หรือมีความสะอาดในการปรุง และมั่นใจได้ว่าปลาร้าต้มสุกแล้ว วิธีสังเกตง่ายๆ อาจดูจากรูปลักษณ์ภายนอก ว่า มีการปนเปื้อนพวกแมลง หรือตัวอะไรที่แปลกไปหรือไม่ กลิ่นแรงเกินไปหรือไม่ แต่เรื่องกลิ่นก็ขึ้นอยู่กับแต่ละคน บางคนชอบและทนกลิ่นแรงๆ ได้ ส่วนปลาร้าที่ไม่ผ่านมาตรฐานจะมีสารอะไรบ้างอันนี้บอกได้ยาก เพราะหากผลิตตามกฎหมายก็จะไม่มีปัญหาอะไร อย่างไรก็ตาม ตามหลักโภชนาการ คือ ควรบริโภคหลากหลาย ไม่ใช่กินอาหารที่ผสมปลาร้าอยู่เป็นประจำ สิ่งสำคัญหากรับประทานปลาร้าควรต้องกินผักแกล้มไปด้วย เพราะผักจะมีสารแอนติออกซิแดนท์ หรือสารต้านอนุมูลอิสระ ก็จะมีคุณค่าทางอาหารไปในตัว ขณะเดียวกัน ปลาร้าจะมีโซเดียมสูง กินมากก็ไม่ดีต่อร่างกาย การรับประทานผักก็จะไปช่วยได้ทางหนึ่ง ประกอบกับไม่รู้ว่าปลาร้าที่ซื้อมาผสมกับผงชูรสหรือไม่ แม้สำนักงานคณะกรรมการอาหารและยา (อย.) จะกำหนดสารประกอบอาหารไม่ให้เกินมาตรฐาน แต่ตามหลักโภชนาการก็ไม่ควรกินซ้ำๆ ควรกินหลากหลายดีกว่า